Disclosed are microwave assisted methods and systems for decontaminating a variety of contaminated surfaces. The systems and methods comprise treating the surfaces with benign chemical formulations followed by exposing to microwave irradiation for short periods of time to achieve at least 6-log reduction in biological contaminants including spores of B. anthracis, B. thuringiensis, and P. roqueforti. Chemical formulations may comprise copper (II) chloride in water. The formulations may include a surfactant such as a polyethylene sorbitol ester surfactant.L'invention concerne des procédés et des systèmes assistés par micro-ondes pour décontaminer une variété de surfaces contaminées. Les systèmes et les procédés comprennent le traitement des surfaces avec des formulations chimiques bénignes suivi d'une exposition à une irradiation par micro-ondes pendant de courtes périodes pour obtenir au moins une réduction de 6 log des contaminants biologiques comprenant des spores de B. anthracis, B. thuringiensis et P. roqueforti. Les formulations chimiques peuvent comprendre du chlorure de cuivre (II) dans de l'eau. Les formulations peuvent comprendre un tensioactif tel qu'un tensioactif d'ester de polyéthylène sorbitol.