The present invention relates to an apparatus for sterilizing toilet water and a method thereof and, more specifically, relates to an apparatus and a method thereof, which can sterilize various germs living in a toilet in addition to a toilet water tank or a pipe without using an additional toilet cleaning agent such as a chemical material, a surfactant, or the like by electrolyzing toilet water stored in the toilet water tank or the pipe to be converted to electrolyzed water appropriate to sterilization and cleaning.본 발명은 변기물 살균장치 및 그 방법에 관한 것으로, 변기물탱크나 배관에 저장되는 변기물을 전기분해하고, 이를 통해 살균과 세정에 적합한 전해수로 변환하여, 화학물질이나 계면활성제 등과 같은 별도의 변기세정제를 사용하지 않고도 변기물탱크나 배관뿐만 아니라 변기에 서식하는 각종 세균을 살균할 수 있도록 하는 장치 및 그 방법에 관한 것이다.