本发明公开了一种孤儿受体GPR64的配体多肽及其编码序列和应用。本发明制备得到的孤儿受体GPR64的配体多肽能够有效激活GPR64,并使GPR64产生Gs、Gq、β‑arrestin1和β‑arrestin2信号通路,表明本发明得到的配体多肽可构成开发男性生殖疾病诊断和/或治疗药的基础;从而,本申请提供了有前景的化合物,其可用于开发治疗男性生殖系统疾病的新药物。孤儿受体GPR64的配体多肽具有(I)、(II)所示的氨基酸序列的中的任意一个:(I)具有SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列;(II)具有SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列经修饰、取代、缺失或添加一个或几个氨基酸获得的氨基酸序列。