本发明公开了一种紫花苜蓿对羟基苯丙酮酸双加氧酶基因MsHPPD,其核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO:1所示,本发明还公开了一种用于克隆所述的紫花苜蓿对羟基苯丙酮酸双加氧酶基因MsHPPD的引物对,核苷酸序列分别如序列表中SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5所示。本发明还公开了紫花苜蓿对羟基苯丙酮酸双加氧酶基因MsHPPD的制备方法及其在提高拟南芥中的维生素E含量和抗逆性中的应用。本发明为进一步研究紫花苜蓿MsHPPD基因的功能,以及MsHPPD基因改良牧草品质,特别是分子改良牧草维生素E含量的应用奠定了基础。