Provided are an endoscopic system, an operating method thereof, and a processor apparatus which accurately display oxygen saturation in color without being affected by the distance between the endoscope distal end portion and a specimen or the shape of a specimen. The light source device 13 of the electronic endoscope system 10 includes a white light source 30, a semiconductor light source unit 31, and a rotary filter 34. The white light source 30 always emits white light BB. Blue narrow-band light Nb from the semiconductor light source unit 31 and G-color light color-separated by the rotary filter 34 are alternately irradiated in the specimen. The reflection image of the blue narrowband light Nb and the reflection image of the G color light are alternately captured. The image data Nb obtained at the time of imaging the reflection image of the blue narrowband light Nb is normalized with the image data G obtained at the time of imaging the reflection image of the G color light to obtain the signal ratio Nb / G. A first oxygen saturation level image in which the oxygen saturation level of blood hemoglobin is imaged is created based on the color table 65 a in which the signal ratio Nb / G is associated with the color information and the signal ratio Nb / G.内視鏡先端部と検体との距離や検体の形状などの影響を受けることなく、酸素飽和度を色で正確に表示する内視鏡システム及びその作動方法並びにプロセッサ装置を提供する。 電子内視鏡システム10の光源装置13は、白色光源30と、半導体光源ユニット31と、ロータリフイルタ34とを有する。白色光源30は白色光BBを常時発光する。検体内には、半導体光源ユニット31からの青色狭帯域光Nbと、ロータリフイルタ34で色分離されたG色光が交互に照射される。青色狭帯域光Nbの反射像と、G色光の反射像とは、交互に撮像される。青色狭帯域光Nbの反射像の撮像時に得られる画像データNbを、G色光の反射像の撮像時に得られる画像データGで規格化して信号比Nb/Gを得る。信号比Nb/Gと色情報とが対応付けられたカラーテーブル65aと、信号比Nb/Gとに基づいて、血中ヘモグロビンの酸素飽和度を画像化した第1酸素飽和度画像を作成する。
