本发明提供了一种腐败梭菌α毒素突变体、表达其的基因、制备方法和腐败梭菌疫苗,涉及生物技术领域。该腐败梭菌α毒素突变体包括(a1)‑(a3)中的任意一种。其中,(a1)为将具有如SEQ ID NO.1所示氨基酸序列的腐败梭菌α毒素第86位氨基酸残基由半胱氨酸突变为亮氨酸,和第189位氨基酸残基由丝氨酸突变为半胱氨酸得到的蛋白质;(a2)为切除(a1)的信号肽得到的蛋白质;(a3)为在(a1)或(a2)所示的蛋白质的N端和/或C端连接标签得到的融合蛋白中的任意一种,具有毒副作用低,免疫原性好的优点。该腐败梭菌疫苗包含腐败梭菌α毒素突变体或编码其的基因,具有良好的安全性和良好的免疫原性。