本发明公开了油菜种子组织部位特异性的含油量基因位点及其应用,属于分子生物学及遗传育种技术领域。本发明中油菜种子外子叶含油量基因位点紧密连锁的探针标记序列为SEQ ID No:1或SEQ ID No:2,内子叶含油量基因位点紧密连锁的探针标记序列为SEQ ID No:3或SEQ ID No:4,种皮含油量基因位点紧密连锁的引物序列为SEQ ID No:5和SEQ ID No:6所示,胚轴含油量基因位点紧密连锁的引物序列为SEQ ID No:7所示。以上这些组织特异性基因位点为通过分子辅助育种提高油菜含油量提供了新位点。