本发明涉及动物病毒学与动物传染病学及基因工程学技术领域。具体涉及一种高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)抗原多表位基因的合成与应用。其特征是将高致病性PRRSVWUH3株GP3、GP4、GP5、M和N蛋白的T细胞表位和修饰的GP5B细胞表位通过linker相连,并根据哺乳动物对密码子的偏爱性进行改造后人工合成,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,蛋白质序列如SEQ ID NO:2所示。合成的该多表位基因包含在真核表达质粒pcDNA3.1-mMEP中,含有该质粒的大肠杆菌Escherichia coli DH5α/pcDNA3.1-mMEP保藏在中国典型培养物保藏中心(CCTCC),保藏号为CCTCC NO:M 2012171。本发明还公开了该基因在制备猪繁殖与呼吸综合征DNA疫苗中应用。