Methods and systems are disclosed for extracting an image of a target fluorophore in a biological material, which involve inducing both autofluorescence of the biological material and fluorescence of the fluorophore, acquiring an image arising from both the autofluorescence of the biological material and the fluorophore, and an image arising only from the autofluorescence, subtracting the two images to produce an image representing only the fluorophore, wherein relative intensities of the excitation light used to induce the autofluorescence and the fluorescence are modulated prior to acquiring the images.L'invention concerne des procédés et des systèmes pour extraire une image d'un fluorophore cible dans une matière biologique, qui consistent à induire à la fois l'auto-fluorescence de la matière biologique et la fluorescence du fluorophore, acquérir une image découlant de l'auto-fluorescence de la matière biologique et du fluorophore, et une image découlant uniquement de l'auto-fluorescence, soustraire les deux images pour produire une image représentant uniquement le fluorophore, des intensités relatives de la lumière d'excitation utilisée pour induire l'auto-fluorescence et la fluorescence étant modulées avant l'acquisition des images.