The present invention relates to pharmaceutical compositions and methods for the treatment of peri-implant diseases, in particular peri-implant disease characterized by the destruction of the crest of the alveolar bone supporting the implant. Specifically, the method comprising the step of applying to a peri-implant bone displaying crestal resorption a 5 pharmaceutical composition comprising biocompatible bone augmentation material coated with a matrix composition which provides local controlled and prolonged release of at least one pharmaceutically active agent at the bone loss site.La presente invencion se relaciona con composiciones farmaceuticas y metodos para el tratamiento de enfermedades periimplantarias, en particular enfermedades periimplantarias caracterizadas por la destruccion de la cresta del hueso alveolar que sostiene el implante. Especificamente, el metodo comprende la etapa de aplicar a un hueso periimplantario que muestra resorcion crestal una composicion farmaceutica que comprende material de aumento oseo biocompatible recubierto con una composicion de matriz que proporciona una liberacion controlada y prolongada local de al menos un agente farmaceuticamente activo en el sitio de perdida osea.