本发明公开了一种复合诱变的酸性蛋白酶高产菌株选育方法,包括以下步骤:a)孢子悬浮液制备:取恒温培养箱内的平板孢子,震荡后用无菌蒸馏水稀释,即得孢子悬浮液并备用;b)复合60Co‑γ与等离子体诱变:制取该菌株的孢子悬浮液,进行等离子体离子束注入,置于剂量0.5~2.0 KGy的辐照台面上,吸取60Co‑γ射线照射后的样品稀释、涂布于0.4%的干酪素培养基上;c)菌株筛选:c1)将干酪素培养基在35℃避光恒温培养2~4 d,挑选其中HC值大于平均值的变异菌株,接入分离培养基斜面保存备用;c2)取步骤c1)得到的菌株,加入1 mL 2%的硫代硫酸钠作为解毒剂,培养基中30℃培养2d,选育出酸性蛋白酶酶活力提高值最大的为高产菌株。