The present disclosure provides a CasX protein, a nucleic acid encoding the present CasX protein, and a modified host cell comprising the present CasX protein and / or a nucleic acid encoding the same. CasX protein is useful in various applications provided. The present disclosure relates to a CasX guide RNA that binds to and provides sequence specificity to the CasX protein, a nucleic acid encoding the CasX guide RNA, and a modified host comprising the CasX guide RNA and / or a nucleic acid encoding the same Provide cells. CasX guide RNA is useful in various applications provided. The present disclosure provides archaeal Cas9 polypeptides and nucleic acids encoding them, and their associated archaeal Cas9 guide RNAs and nucleic acids encoding them.本開示は、CasXタンパク質、本CasXタンパク質をコードする核酸、及び本CasXタンパク質及び/またはそれをコードする核酸を含む修飾された宿主細胞を提供する。CasXタンパク質は、提供される様々な用途において有用である。本開示は、本CasXタンパク質に結合し、それに配列特異性を提供するCasXガイドRNA、本CasXガイドRNAをコードする核酸、ならびに本CasXガイドRNA及び/またはそれをコードする核酸を含む修飾された宿主細胞を提供する。CasXガイドRNAは、提供される様々な用途において有用である。本開示は、古細菌Cas9ポリペプチド及びそれをコードする核酸、ならびにそれらの関連古細菌Cas9ガイドRNA及びそれをコードする核酸を提供する。