A method for treating a microorganism-related condition in a patient may include detecting microorganisms in a set of samples collected from a population and comparing a relative abundance of and co-occurrence between different microbial taxa in the set of samples. The method further includes associating a change in the relative abundance of or the co-occurrence between the microbial taxa with samples from people, among the population, with the microorganism-related condition and samples from people, among the population, without the microorganism-related condition to determine a target taxa. A blend of bacteriophages is then identified, the blend being configured to remove the target taxa from a community of microorganisms. A therapeutic composition comprising the blend is then administered to the patient with the microorganism-related condition.L'invention concerne un procédé de traitement d'une affection liée à un micro-organisme chez un patient pouvant comprendre la détection de micro-organismes dans un ensemble d'échantillons collectés à partir d'une population et la comparaison de l'abondance relative et de la cooccurrence de différents taxons microbiens dans l'ensemble des échantillons. Le procédé comprend en outre l'association d'un changement dans l'abondance relative ou la cooccurrence des taxons microbiens avec des échantillons de sujets, au sein de la population, présentant un état de santé lié à un micro-organisme et des échantillons provenant de sujets, au sein de la population, sans état de santé associé au micro-organisme afin de déterminer un taxon cible. Un mélange de bactériophages est ensuite identifié, le mélange étant configuré pour éliminer le taxon cible d'une communauté de micro-organismes. Une composition thérapeutique comprenant le mélange est ensuite administrée au patient présentant un état de santé associé au micro-organisme.