The present invention relates to a bone-targeting drug delivery system composed of crystalline carbon nanoparticles to which bisphosphonate is bonded, and relates to a bone-targeting drug delivery system comprising a bisphosphonate-binding crystalline carbon nanoparticle, which binds a bisphosphonate as a functional drug to a highly biocompatible crystalline carbon- And crystalline carbon-based nanoparticles to the bone simultaneously, minimizing side effects of long-term treatment with osteoporosis and maximizing treatment efficiency.본 발명은 비스포스포네이트(bisphosphonate)가 결합된 결정성 탄소 나노입자로 구성된 골 타겟팅 약물 전달체에 관한 것으로, 골의 재생을 유도하는 생체적합성이 높은 결정성 탄소기반 나노입자에 기능성 약물인 비스포스포네이트를 결합함으로써 약물과 결정성 탄소기반 나노입자를 골에 동시에 전달함으로써 기존의 골다공증 치료 약물 장기투여로 생기는 부작용을 최소화하고 치료 효율을 극대화하였다.