本发明属于油菜育种技术领域,具体地说属于利用分子标记辅助选育甘蓝型黄籽油菜新品种技术领域。本发明通过选择合适的亲本进行杂交得到F1植株,通过小孢子培养得到双单倍体(DH)分离群体,通过构建油菜黄籽集团和黑籽集团两个基因池、设计特异引物、PCR以及回收、克隆、测序等步骤筛选得到与甘蓝型油菜的黄籽基因紧密连锁的RAPD和AFLP标记的片段;该DNA片段命名为SCS1130和SCA1两个分子标记,它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1或2所示。已将上述分子标记成功地应用于甘蓝型黄籽油菜群体和连锁遗传分析。本发明还公开了该分子标记的制备及其用于辅助育种的方法。本发明为油菜的分子育种提供了新的实用标记基因和新的利用方法。