本发明公开了一种水稻纹枯病菌Atg 22蛋白编码基因及其靶标片段Rsatg22和应用。本发明提供的水稻纹枯病菌Atg 22蛋白编码基因,其全长cDNA序列如SEQ ID NO:1所示,其全长DNA序列如SEQ ID NO:2所示,其编码序列如SEQ ID NO:3所示。该基因在水稻纹枯病菌侵染水稻的前期过程中被显著诱导表达,根据该水稻纹枯病菌Atg 22蛋白编码基因的靶标片段Rsatg22合成的dsRNA,体外处理使得水稻纹枯病菌Atg 22蛋白编码基因沉默,进而显著降低水稻纹枯病菌的致病力,有效地解决了生产上由纹枯病菌引起的土传真菌病害的难题;因此,该水稻纹枯病菌Atg 22蛋白编码基因或其靶标片段Rsatg22在防治水稻纹枯病菌、制备水稻纹枯病菌防治制剂以及构建抗水稻纹枯病菌转基因植物中的应用前景良好。