The Broad Institute, Inc.;Massachusetts Eye and Ear Infirmary;The General Hospital Corporation;Massachusetts Institute of Technology
发明人:
申请号：
EP18783997.2
公开号：
EP3610266A1
申请日:
2018.04.12
申请国别(地区):
EP
年份:
2020
代理人:
摘要：
The present invention advantageously provides for novel gene signatures, tools and methods for the treatment and prognosis of epithelial tumors. Applicants have used single cell RNA-seq to reveal novel expression programs of malignant, stromal and immune cells in the HNSCC tumor ecosystem. Malignant cells varied in expression of programs related to stress, hypoxia and epithelial differentiation. A partial EMT-like program (p-EMT) was discovered that was expressed in cells residing at the leading edge of tumors. Applicants unexpectedly linked the p-EMT state to metastasis and adverse clinical features that may be used to direct treatment of epithelial cancers (e.g., HNSCC). Applicants also show that metastases are dynamically regulated by the tumor microenvironment (TME). Finally, a computational modeling approach was developed that allows analysis of malignant cells in bulk sequencing samples.De manière avantageuse, la présente invention concerne de nouvelles signatures géniques, des outils et méthodes de traitement et de pronostic de tumeurs épithéliales. Les demandeurs ont utilisé l'ARN-seq de cellules uniques pour révéler de nouveaux programmes d'expression des cellules malignes, stromales et immunitaires dans l'écosystème tumoral HNSCC. Les cellules malignes ont manifesté une expression variable des programmes liés au stress, à l'hypoxie et à la différenciation épithéliale . Un programme de type EMT partielle (p-EMT) qui était exprimé dans des cellules résidant au bord avant des tumeurs a été découvert. Les demandeurs ont lié de manière inattendue l'état p-EMT à la métastase et à des caractéristiques cliniques indésirables qui peuvent être utilisées pour le traitement direct de cancers épithéliaux (p. ex., HNSCC) et ont également montré que les métastases sont régulées de manière dynamique par le micro-environnement tumoral (TME). Pour finir, une approche de modélisation informatique qui permet l'analyse des cellules malignes dans un échantillon global de séquen
