本发明属于植物基因工程技术领域,涉及NtPIN3基因和启动子,特别是指与烟草低铁胁迫相关的基因、启动子及其应用。NtPIN3基因在调控耐低铁胁迫下烟草生长发育中的应用,所述NtPIN3基因的序列如SEQ ID No.1所示。一种用于启动与低铁胁迫下烟草生长发育相关的基因的启动子。通过构建低铁诱导特异启动子proNtPIN3启动NtPIN3基因的表达载体,实现NtPIN3基因在低铁胁迫条件下特异高表达,一方面提高了烟草叶片的铁含量,另一方面提高了烟草的耐低铁能力。本发明可广泛应用于烟草NtPIN3基因表达抑制的相关理论以及烟草提高铁含量、抵御低铁胁迫等应用研究。