本发明涉及农作物分子遗传育种学领域,具体公开了水稻抗稻瘟病Pi9基因的共显性功能分子标记Pi9InDel1及其应用。所述水稻抗稻瘟病Pi9基因的共显性功能分子标记Pi9InDel1,由如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的引物扩增得到。利用Pi9InDel1标记引物,对不同遗传背景水稻亲本基因组DNA、及其与Pi9基因供体亲本的杂交后代基因组DNA进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测,鉴定不同水稻亲本及杂交后代中是否含有Pi9功能基因,以及杂交育种选育后代中的Pi9基因是否纯合,并通过分子标记辅助选择育种技术培育含Pi9基因的抗稻瘟病水稻新种质或品种。