The prevent invention relates to a pharmaceutical composition containing lactic acid bacteria-fermented Bojungikkitang as an active ingredient for preventing or treating brain diseases, health functional food containing the fermented Bojungikkitang for preventing or alleviating brain diseases, and a method for prevention or alleviating brain diseases in animals except human using the fermented Bojungikkitang. The lactic acid bacteria fermented Bojungikkitang according to the present invention has antioxidative activity and neuroprotective activity, thereby being widely used for preventing or treating brain diseases as a form of pharmaceutical composition or health functional food. [Reference numerals] (AA) Survival rate (%);(BB) Bojungikkitang (Chinese traditional herbal medicine) stock solution (E0);(CC) Fermented Bojungikkitang (KERI 129);(DD) Fermented Bojungikkitang (KERI 125);(EE) Fermented Bojungikkitang (KERI 693)보중익기탕의 유산균 발효물을 유효성분으로 포함하는 뇌질환의 예방 또는 치료용 약학적 조성물, 상기 발효물을 포함하는 뇌질환의 예방 또는 개선용 건강기능식품 및 상기 발효물을 이용한 인간을 제외한 동물의 뇌질환을 예방 또는 치료하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 보중익기탕의 유산균 발효물은 항산화 활성 및 뇌 신경세포 보호활성을 가지므로, 약학적 조성물 또는 건강기능식품의 형태로 제조되어 뇌질환의 예방 또는 치료에 널리 활용될 수 있을 것이다.