本发明涉及一种快速区分小麦白粉菌(Blumeria graminis f.sp. tritici)交配型的MAT1-1-1和 MAT1-2-1的分子检测方法,包括收集待检测样品分生孢子,采用CTAB法提取所需检测样本的基因组DNA,PCR扩增,用1.0%的琼脂糖凝胶电泳分析,使用凝胶成像系统记录电泳结果,利用标记判断DNA片段大小,诉述的PCR为多重PCR扩增,多重PCR扩体系中涉及的两对扩增引物是BOX1-F/BOX1-R和HMG2-F/HMG2-R,其中BOX1-F为SEQ ID NO.1,BOX1-R为SEQ ID NO.2,HMG2-F为SEQ ID NO.3,HMG2-R为SEQ ID NO.4。本发明减少了检测步骤并节约检测成本,适用于大批量的小麦白粉菌样本交配型的快速检测,较传统的交配型检测方法省时、结果稳定可靠,同时为后续研究有性生殖的遗传变异奠定理论基础。