The present invention relates to an electronic payment system by a mouse separating fingerprint recognition and finger vein recognition, capable of replacing a credit card payment method, and a method thereof. According to the present invention, in the electronic payment system using fingerprint and finger vein recognition, a mouse (M) photographs a fingerprint and a finger vein, wherein a fingerprint recognizer (1000) is formed in the left bottom of the mouse (M) and a finger vein recognizer (2000) is formed on the top of the mouse (M). The fingerprint recognizer (1000) has a rectangular contact type fingerprint authentication module device unit (1000a) formed in a fingerprint recognition mounting edge (1000b). The finger vein recognizer (2000) has a finger vein authentication device unit (2000a) formed in the mouse, and a camera (2000b) and an infrared light source (2000c) are formed at a predetermined distance inside the mouse (M), thereby photographing a finger vein of a finger put on the finger vein authentication device unit (2000a) to perform authentication with a time difference.본 발명은 지문 및 지정맥 인식을 이용한 전자 결제 시스템에 있어서: 지문과 지정맥을 촬영할 수 있는 마우스(M)로서, 상기 마우스(M)의 좌측 하단에는 지문인식기(1000)가 형성되어 있고, 상기 마우스(M) 상단에는 지정맥인식기(2000)이 형성되어 있되, 상기 지문인식기(1000)는 사각형상의 접촉식 지문인증모듈장치부(1000a)가 지문인식안착테두리(1000b) 안에서 형성되어 있고, 상기 지정맥인식기(2000)는 마우스 속으로 지정맥인증장치부(2000a)가 형성되어 있되, 상기 마우스(M) 내부에는 일정한 거리에 카메라(2000b)와 적외선광원(2000c)이 형성되어 지정맥인증장치부(2000a) 위로 올려지는 손가락 지정맥을 촬영하여 시차를 두고 인증할 수 있게 되는 것을 특징으로 하는 지문 및 지정맥 인식을 분리한 마우스에 의한 전자 결제 시스템이다.