本发明涉及一种专用于木麻黄的微生物肥料。其特征是包括由体积比1~1.5∶1.5~2.0∶0.1~0.5的解磷巨大芽胞杆菌(Bacillus megaterium de Bary)发酵液,弗兰克氏菌(Frankia.sp)发酵液和稳效助剂混合得到的液体菌肥,所述的稳效助剂组成按质量分数计,为类黄酮0.01%~0.05%,香豆素0.001%~0.01%,钼酸钠0.001%~0.01%,硫酸钴0.001%~0.01%,余量为水,还可以包括沸石粉或有机肥。该肥料能促进木麻黄生长,提高木麻黄的成活率和保存率,并提高了带根瘤的木麻黄苗木的数量,从而增强了木麻黄的抗逆性能和抗旱能力,加快人工林的郁闭速度,增强沿海木麻黄防护林的防风固沙效能。用本发明提供的弗兰克氏菌fgc6菌株CCTCC M 207197效果更好。