本发明公开了草鱼呼肠孤病毒的核酸适配体及其衍生物、筛选方法和应用。本发明的草鱼呼肠孤病毒的核酸适配体是针对GCRV病毒的ssDNA库,应用SELEX方法获得的核酸适配体,其核苷酸序列为SEQ ID NO:1~10所示的任意一条序列,经过实验表明:以上核酸适配体对细胞活力没有明显影响,能形成茎‑环的二级结构,甚至可以抑制GCRV的感染,其中FT6和FT7适配体的抗病毒效果最佳。本发明的草鱼呼肠孤病毒的核酸适配体具有制备病毒性疾病治疗药物的应用前景,也具有制备草鱼呼肠孤病毒分子探针、检测试剂或靶向介质的应用前景。