A method of performing a percutaneous operation on a patient to remove an object from a cavity within the patient is described. The method includes advancing the first alignment sensor through the lumen of the patient into the cavity. The first alignment sensor provides its position and orientation in free space in real time. The alignment sensor is operated until it is close to the object. A surgical tool is used to create a percutaneous opening in the patient, and the surgical tool includes a second alignment sensor that provides the position and orientation of the surgical tool in free space in real time. The surgical tool is moved toward the object using data provided from both the first and second alignment sensors.환자 내부의 공동으로부터 물체를 제거하기 위해 환자에게 경피적 수술을 시행하는 방법이 설명된다. 상기 방법은 제1 정렬 센서를 환자의 내강을 통해 공동안으로 전진시키는 단계를 포함한다. 제1 정렬 센서는 자유 공간에서의 자신의 위치와 방향을 실시간으로 제공한다. 정렬 센서는 물체에 가까이 위치할 때까지 조작된다. 수술 도구를 이용해 환자에게 경피적 개구부를 생성하고, 상기 수술 도구는 자유 공간에서의 수술 도구의 위치와 방향을 실시간으로 제공하는 제2 정렬 센서를 포함한다. 수술 도구는 제1 및 제2 정렬 센서 둘 다로부터 제공된 데이터를 이용해 물체 쪽으로 이동된다.