The present invention provides methods for enhancing the health of a subject using microorganisms indigenous to the subject's own gut microbiome. In one embodiment, the microbial population of a subject's GI tract and/or appendix is sampled and sequenced to identify and determine the population percentage of species. The beneficial species are used to inoculate novel, distributed fermentation systems. The beneficial species are cultivated to a high concentration and reintroduced into the subject's GI tract in order to restore the gut microbiome to a balanced and healthy state.La présente invention concerne des méthodes visant à améliorer la santé d'un patient à l'aide de micro-organismes indigènes au propre micro-biome intestinal du patient. Dans un mode de réalisation, la population microbienne du tractus intestinal et/ou de l'appendice du patient est échantillonnée et séquencée afin d'identifier les espèces présentes au sein de la population et d'en déterminer les pourcentages. Les espèces bénéfiques sont utilisées pour inoculer de nouveaux systèmes distribués de fermentation. Les espèces bénéfiques sont cultivées jusqu'à l'obtention d'une concentration élevée, puis réintroduites dans le tractus gastro-intestinal du patient afin que le micro-biome intestinal retrouve un état équilibré et sain.