本发明属于家畜分子遗传标记筛选技术领域,具体涉及猪MMP20基因片段作为猪产仔数性状的遗传标记及应用。发明通过筛选得到一种如SEQ ID NO:1所述的与猪产仔数性状相关的遗传标记,在该基因片段257bp处存在一个G>C碱基突变,在该基因片段的292bp处存在一个C>T碱基突变;和SEQ ID NO:2所述的另一个与猪产仔数性状相关的遗传标记,在该基因片段的257bp处存在一个C>G碱基突变,在292bp处存在一个T>C碱基突变。上述两个突变位点完全连锁,可显著影响猪产仔数性状。本发明还公开了该遗传标记的筛选方法及其在猪产仔性状关联分析中的应用。为猪产仔数性状的标记辅助育种提供了一个新的分子育种标记。