本发明公开了水稻OsAUX3基因在调控水稻种子粒长中的应用,属于生物化学技术领域。本发明提供了一种长粒型种子水稻的育种方法,包括:利用CRISPR/Cas9技术定点编辑核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的水稻OsAUX3基因的靶位点,所述靶位点的序列分别为:ACGAGCCTCCTGTGGCACGG,CCTCTCGCTCACATTTCGTT。利用CRISPR/Cas9系统构建水稻OsAUX3基因靶位点特异性敲除的植物重组表达载体,利用基因编辑获得纯合稳定的突变体,可用于分析OsAUX3基因在水稻中的生物学功能,为水稻粒型研究提供新方向,在提高水稻产量方面具有潜在的应用价值。