本发明公开了一种小反刍兽疫病毒基因工程亚单位疫苗,其包含编码基因序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:3所示的融合蛋白。本发明通过将小反刍兽疫病毒(PPRV)的H、F蛋白改造后连接,获得融合蛋白(PPRV‑Fu),并以该PPRV‑Fu蛋白制备小反刍兽疫病毒基因工程亚单位疫苗,所获疫苗的抗原性、免疫原性和功能与天然蛋白质相似,表达水平较高,免疫原性强,只需要很少量就能提供很好的免疫效果,对免疫后的动物没有致病性,同时本发明利用CHO细胞等表达该PPRV‑Fu蛋白,不仅表达量高,而且还可以通过生物反应器大规模无血清悬浮培养制备,大大降低了疫苗生产成本。