The present invention relates to a pharmaceutical composition for preventing or treating atopic dermatitis, which comprises stem cells obtained through a subfractionation culturing method. The stem cells isolated by the layer separation culture method of the present invention can inhibit the proliferation of T cells and / or the production of IFN-? And IL-4, and can inhibit proliferation of B cells and / or IgE production. In addition, the stem cells inhibit class-switching DNA recombination and / or plasma cell differentiation and remarkably alleviate the symptoms in an OVA-induced atopic dermatitis animal model, and thus can be effectively used as a therapeutic agent for atopic dermatitis.층분리 배양법 (subfractionation culturing method)을 통하여 수득한 줄기세포를 포함하는, 아토피성 피부염 예방 또는 치료용 약학적 조성물에 관한 것이다. 본 발명의 층분리 배양법에 의하여 분리된 줄기세포는 T 세포의 증식 및/또는 IFN-γ 및 IL-4의 생산을 억제할 수 있으며, B 세포의 증식 및/또는 IgE 생산을 억제할 수 있다. 또한, 상기 줄기세포는 클래스 전환 DNA 재조합 및/또는 플라즈마 세포 분화를 억제하고, OVA로 유도된 아토피성 피부염 동물 모델에서 그 증상을 현저히 완화시키는 바, 효과적인 아토피성 피부염 치료제로 활용될 수 있다.