The present invention relates to methods of using fungal mycobiome as a means of treating and/or diagnosing diseases in a subject. In one embodiment, the present invention provides a method of diagnosing inflammatory bowel disease based on the composition of fungal strains present in the gut of a subject, and treating the subject by administering a probiotic biotherapy. In another embodiment, the present invention provides a method of diagnosing a severe form of ulcerative colitis by detecting the presence of a deficiency in dectin-1 expression in s. fibuligera in the gut of a subject.La présente invention concerne des procédés dutilisation de mycobiome fongique en tant que moyen de traitement et/ou de diagnostic de maladies chez un sujet. Dans un mode de réalisation, la présente invention porte sur un procédé de diagnostic de maladie inflammatoire chronique de lintestin sur la base de la composition des souches fongiques présentes dans lintestin dun sujet, et de traitement du sujet par ladministration dune biothérapie probiotique. Dans un autre mode de réalisation, la présente invention a trait à un procédé de diagnostic dune forme grave de colite ulcéreuse, par la détection de la présence dune déficience en termes dexpression de la dectine-1 dans S. fibuligera, dans lintestin dun sujet.