PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an endoscope system capable of suppressing noise even when a color imaging sensor of poor color separability is used, and also to provide a method for operating the same.SOLUTION: A light source unit emits multicolor light. The amount of light of each color is controlled such that the multicolor light is emitted at a first light emission ratio. A color imaging sensor captures an image of a subject and outputs a multicolor image signal. A gain coefficient calculation unit 80 calculates provisional gain coefficients on the basis of the multicolor image signal. A noise evaluation value calculation unit 82 calculates a noise evaluation value on the basis of the provisional gain coefficients and set color correction coefficients. A determination unit 84 determines whether or not the noise evaluation value is an allowable value or less. A coefficient setting unit 86 sets to a setting gain coefficient the provisional gain coefficient used for the calculation of a noise evaluation value determined to be the allowable value or less. A light emission ratio setting unit 87 sets to a setting light emission ratio the first light emission ratio of the multicolor light emitted upon the calculation of the noise evaluation value determined to be the allowable value or less.【課題】色分離性が悪いカラーの撮像センサを用いる場合であっても、ノイズを最小限に抑制することができる内視鏡システム及びその作動方法を提供する。【解決手段】光源部が、複数色の光を発光する。複数色の光は、第1発光比率で発光するように、それぞれの光量が制御される。カラーの撮像センサが、被写体を撮像して複数色の画像信号を出力する。この複数色の画像信号に基づいて、ゲイン係数算出部80により、暫定ゲイン係数を算出する。暫定ゲイン係数と設定色補正係数に基づいて、ノイズ評価値算出部82により、ノイズ評価値を算出する。判定部84は、ノイズ評価値が許容値以下か否かを判定する。係数設定部86は、許容値以下と判定されたノイズ評価値の算出に用いた暫定ゲイン係数を、設定ゲイン係数に設定する。発光比率設定部87は、許容値以下と判定されたノイズ評価値の算出時に発光した複数色の光の第1発光比率を、設定発光比率に設定する。【選択図】図6