本发明公开了一种用ISSR分子标记法对甘薯品种真实性进行鉴别的方法。本发明公开的一种用于辅助鉴定甘薯种薯真实性的引物组,由HBAAS-001引物、HBAAS-815引物和HBAAS-825引物组成;HBAAS-001引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示;HBAAS-815引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示;HBAAS-825引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。本发明利用ISSR分子标记成功构建的甘薯品种单一引物的ISSR指纹图谱,使得甘薯品种真实性的鉴定简便、快捷、重复性和稳定性好,为ISSR分子标记技术更广泛地用于甘薯品种真实性鉴定打下良好的基础。