The present invention relates to a heterodimeric Fc fusion protein, and a pharmaceutical composition comprising the heterodimeric Fc fusion protein, wherein the heterodimeric Fc fusion protein comprises a first Fc region and a second Fc region of an immunoglobulin Fc region pair. Wherein the subunit of the bioactive protein is attached to at least one of the N-terminus or the C-terminus of the first Fc region and / or the second Fc region, wherein the first Fc region and the second Fc region are , Which are modified to promote heterodimer formation. In a heterodimeric Fc fusion protein according to the present invention, two or more subunits can be fused to Fc in the native shape and structure of the protein constituting the bioactive protein, as it exists in nature. The protein forms a protein complex so that it can maintain its original activity in nature.本発明は、ヘテロダイマーFc融合タンパク質、およびヘテロダイマーFc融合タンパク質を含む医薬組成物に関し、このヘテロダイマーFc融合タンパク質は、免疫グロブリンのFc領域対の第1のFc領域および第2のFc領域を含み、一方生物活性タンパク質のサブユニットは、第1のFc領域および/または第2のFc領域のN末端またはC末端の少なくとも1つに結合され、第1のFc領域および第2のFc領域は、ヘテロダイマーの形成を促進するように改変される。本発明によるヘテロダイマーFc融合タンパク質において、2つまたはそれより多くのサブユニットは、生物活性タンパク質を構成するタンパク質が、天然に存在するときの元の形状および構造でFcに融合され得、それによりこのタンパク質が、天然に存在するときの元の活性を維持し得るようにタンパク質複合体を形成する。