本发明提供了一种通过沉默miR394来提高番茄晚疫病抗性的长链非编码RNA‑lncRNA40787,所述DNA分子的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;提供了该长链非编码RNA的克隆方法:以野生型感晚疫病番茄早粉2号的cDNA为模板进行PCR扩增,将得到的PCR产物与pMD‑18T克隆载体连接,转化大肠杆菌DH5α,挑取单菌落进行测序:还提供了该长链非编码RNA的应用方法,用于番茄抵御病原菌侵染,即在番茄中瞬时过表达所述番茄抗晚疫病的长链非编码RNA‑lncRNA40787。本发明得到的长链非编码RNA在番茄瞬时过表达后,番茄miR394的表达量显著降低,其抗晚疫病效果更优:其用于沉默miR394使番茄对晚疫病的抗性增强,对培育抗晚疫病番茄品种,从而提高番茄产量具有重要意义。