本发明提供一种水稻OsCSA基因的应用及其定点敲除方法,所述雄性不育基因CSA编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述的应用具体是,采用基于CRISPR/Cas9系统敲除、改变或抑制CSA基因,使得常规水稻品种中的CSA基因表达水平降低,进而获得水稻雄性不育株系。所述定点敲除方法为分别利用基于CH-CRISPR/Cas9系统的CC-CSA-1载体和基于Gateway-CRISPR/Cas9系统的GC-CSA-1载体对水稻雄性不育基因CSA进行定向基因编辑。本发明为创造基于水稻雄性不育基因CSA的雄性不育系种质资源、水稻两系杂交制种提供一种高效的敲除方法和育种方式。