本发明公开了一种脊尾白虾抗菌肽及其重组蛋白的制备方法与应用,包含具有与SEQ ID NO:2所示氨基酸序列至少95%同源性的氨基酸序列;所述脊尾白虾抗菌肽的基因EcCrustin,包含具有与SEQ ID NO:1所示核苷酸序列至少95%同源性的核苷酸序列;本发明的EcCrustin的核酸序列长378bp,开放阅读框架编码125个氨基酸,推测蛋白分子量大小为13.9KDa,重组蛋白表达载体pET‑22b‑Crustin转化到大肠杆菌BL21可以获得稳定的表达EcCrustin重组蛋白的菌株;采用本发明制备的表达菌株以及其表达的重组抗菌肽蛋白具有良好的抗菌效果,可应用于水产动物抗菌药物、疫苗或饲料添加剂。