本发明公开了棉花的一种bHLH转录因子及其编码基因与应用。本发明提供的bHLH转录因子名称为GhGL3,是具有序列表中SEQ ID No:2所示氨基酸序列的蛋白质,或者是将SEQ ID No:2所示氨基酸序列经过一个或几个氨基酸的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID No:2所示氨基酸序列相同转录因子活性的由SEQ ID No:2衍生的蛋白质。bHLH转录因子GhGL3的编码基因GhGL3是下列核苷酸序列之一:1)序列表中SEQ IDNo:1所示的DNA序列;2)与序列表中SEQ ID No:1限定的DNA序列具有90%以上同源性,且编码相同功能蛋白质的DNA序列。本发明的基因对培育纤维植物新品种,特别是培育棉花新品种具有重要意义。