本发明属于生物基因工程技术领域,具体为一种水稻组蛋白赖氨酸甲基转移酶及其编码基因与应用。本发明的水稻组蛋白赖氨酸甲基转移酶是下述氨基酸残基序列之一:序列表中的SEQ ID No:1;将序列表中的SEQ ID No:1的氨基酸残基序列经过一至五十个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且对植物的生长发育具有调控作用的蛋白质。本发明还包括含有本发明基因的重组表达载体、转基因细胞系和工程菌以及扩增该基因中任一片段的引物对。该水稻组蛋白赖氨酸甲基转移酶的编码基因的反义转基因株系呈现出晚花表型。本发明为植物品种改良提供了一个优质基因,具有较高的实际应用价值,应用前景广阔。