It offers the blood clotting IX factor formulation where the safety where the contents of FIXa which can by the refinement method, and particular refinement method of the blood clotting IX factor which features that it prevents the formation of activated blood clotting IX factor by removing blood clotting IX factor activated factor from blood clotting IX factor content fraction are few is high. Particular blood clotting IX factor activated factor is the mannose connection lectin connection characteristic ceric protease -1 (MASP-1). As for removal of blood clotting IX factor activated factor it is desirable to do with the hydrophobic chromatography.血液凝固IX因子含有画分から血液凝固IX因子活性化因子を除去することによって活性化血液凝固IX因子の生成を防ぐことを特徴とする血液凝固IX因子の精製方法、および当該精製方法によって得られたFIXaの含有量の少ない安全性の高い血液凝固IX因子製剤を提供する。当該血液凝固IX因子活性化因子はマンノース結合レクチン結合性セリンプロテアーゼ-1(MASP-1)である。血液凝固IX因子活性化因子の除去は疎水クロマトグラフィーにより行うのが好ましい。