本发明涉及一种小麦雄性不育基因WMS及其花药特异性启动子的应用。本发明利用RNA测序技术对比了小麦近等基因系‘鲁麦15’和‘鲁麦15+Ms2’(简称‘鲁麦15Ms2’)在减数分裂初期的花药转录组,从中发现了只在‘鲁麦15Ms2’花药组织表达的基因WMS。WMS基因的全长cDNA序列如SEQ ID NO:1所示;WMS基因编码的蛋白(即WMS蛋白)氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示;WMS基因启动子具有花药组织特异性驱动的活性,人为操作WMS基因能够改变小麦和短柄草的雄蕊育性。因此,本发明可用于实现目标基因的花药特异性表达、创建植物雄性不育特性、建立植物轮回选择体系、发展植物杂交制种技术。