PROBLEM TO BE SOLVED: To provide a magnetic resonance imaging apparatus capable of improving quality of phase images and to provide a medical image processing device and an image processing method.SOLUTION: A magnetic resonance imaging apparatus includes an acquisition part, a generation part, a setting part and an elimination part. The acquisition part acquires magnetic resonance signals generated from a subject. The generation part generates a phase image on the basis of the magnetic resonance signals. The setting part sets any one or both of a kind and a size of a kernel for presenting a background phase signal as a phase signal caused by the background except for local phase change in tissues for each area in a phase image. The elimination part eliminates the phase signal caused by the background except for the local phase change in the tissues from the phase image using the kernel.SELECTED DRAWING: Figure 12【課題】位相画像の画質を向上させることができる磁気共鳴イメージング装置、医用画像処理装置及び画像処理方法を提供すること。【解決手段】実施形態の磁気共鳴イメージング装置は、取得部と、生成部と、設定部と、除去部とを備える。取得部は、被検体から発生する磁気共鳴信号を取得する。生成部は、磁気共鳴信号に基づいて位相画像を生成する。設定部は、組織の局所位相変化以外のバックグラウンドによる位相信号であるバックグラウンド位相信号を表現するためのカーネルの種類とサイズのいずれか、もしくは、両方を位相画像における領域ごとに設定する。除去部は、位相画像から、カーネルを用いて、組織の局所位相変化以外のバックグラウンドによる位相信号を除去する。【選択図】図12