本发明公开了一种促进植物种子亚麻酸积累的基因的应用,该基因片段具有如SEQ ID No.1~SEQ ID No.4任意一条所示的核苷酸序列或其互补序列,或者由于增加、缺失或替换一个或多个核苷酸导致的与SEQ ID No.1~SEQ ID No.4任意一条所示的核苷酸序列同源性不小于95%、且功能相同的衍生核苷酸序列。本发明首次发现了甘蓝型油菜溶血磷脂酸酰基转移酶基因BnLPAAT2其促进植物种子亚麻酸积累的功能及用途,通过引入具有特定核苷酸序列的基因片段、及具有特定氨基酸序列的蛋白质,能够有效促进植物种子亚麻酸积累。本发明中克隆的BnLPAAT2基因不但在超表达株系种子中显著提高亚麻酸含量,而且种子含油量也有了一定幅度的提高。