本发明公开了Δ12脂肪酸脱氢酶AhFAD2-1B-m基因启动子及其制备方法和应用。该启动子的核苷酸序列如SEQ ID NO.1中所示。本发明从花生中克隆出花生Δ12脂肪酸脱氢酶AhFAD2-1B-m基因启动子,利用本发明提供的启动子构建重组表达载体,然后将所述表达载体利用农杆菌介导的方法转化拟南芥,启动下游重组基因在种子、子叶、下胚轴中表达,在其它组织中不表达,是一个组织特异性启动子,因此可将其应用于转基因工程中,使得目的基因表达产物在一定的器官或组织中积累,增加组织中的表达量,发挥更好效果,同时避免植物自身能量的浪费,因此在基因工程育种及转基因研究中具有重要应用价值。