Methods and means are provided to modify in a targeted manner the plant genome of transgenic plants comprising chimeric genes wherein the chimeric genes have a DNA element commonly used in plant molecular biology. Re-designed meganucleases to cleave such an element commonly used in plant molecular biology are provided.La presente invención se refiere a métodos y medios para modificar de manera dirigida el genoma vegetal de plantas transgénicas que comprenden genes quiméricos, en donde los genes quiméricos tienen un elemento de ADN utilizado comúnmente en la biología molecular de plantas se proveen meganucleasas rediseñadas para cortar dicho elemento usado comúnmente en la biología molecular de plantas.