The present invention provides a method for lyophilizing exosomes using a lyophilization protectant comprising methionine, mannitol and trehalose. Lyophilized exosomes according to the present invention exhibit good properties of maintaining a porous sponge shape without forming ice crystals. In addition, the lyophilized exosomes or compositions comprising the same according to the present invention can be applied to pharmaceutical compositions, external skin preparations and cosmetic compositions. For example, the lyophilized exosomes of the present invention can be used as a simple mixture with a diluent.본 발명은 메티오닌, 만니톨 및 트레할로오스를 포함하는 동결건조 보호제를 이용하여 엑소좀을 동결건조하는 방법을 제공한다. 본 발명에 따라 동결건조된 엑소좀은 얼음결정을 형성하지 않으면서 다공성의 스폰지 형상을 유지하는 양호한 성상을 나타낸다. 또한, 본 발명에 따라 동결건조된 엑소좀 또는 이를 포함하는 조성물은 약학 조성물, 피부외용제 및 화장료 조성물로의 응용이 가능하다. 예를 들어, 본 발명의 동결건조된 엑소좀은 희석제와 간단하게 혼합한 용액으로 사용할 수 있다.