The present invention relates to a method of operating a hemodialysis filter cleaning apparatus, comprising: a first washing step of washing a filter used in an artificial blood dialyzer with water A second washing step of washing the filter with a mixture of the water and the disinfectant A first test step of determining whether the membrane formed in the filter is clogged or not A second test step of determining a leakage of the filter, and a filling step of filling the filter with a mixed solution of water and a disinfectant solution.본 발명은, 혈액투석필터 세척장치의 가동방법으로서, 인공 혈액 투석기에 사용되었던 필터를 물로 세척하는 제1세척단계 상기 물과 소독액의 혼합액으로 상기 필터를 세척하는 제2세척단계 상기 필터에 형성된 멤브레인의 막힘 유무를 판단하는 제1테스트단계 상기 필터의 누수를 판단하는 제2테스트단계및 상기 필터에 물과 소독액의 혼합액을 충진하는 충진단계를 특징으로 한다.