本发明涉及基因工程技术领域的与黄瓜单性花控制基因M紧密连锁的分子标记,第一种分子标记由序列表中SEQ ID NO.1所示的223个核苷酸和SEQ ID NO.2所示的221个核苷酸组成;第二种分子标记由序列表中SEQ ID NO.3所示的155个核苷酸和SEQ ID NO.4所示的157个核苷酸组成;第三种分子标记由序列表中SEQ ID NO.5所示的110个核苷酸和SEQ ID NO.6所示的108个核苷酸组成。本发明的3个分子标记与M基因位点连锁更加紧密,对关于单性花/两性花的黄瓜分子标记辅助育种体系的建立更有帮助;本发明的分子标记可以简便、快速、高通量地应用于黄瓜育种实践。