本发明公开了日本血吸虫PGMRC2基因的siRNA,该siRNA选自下述的一对或任意两对以上的组合:SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列;SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列;SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列;SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列。本发明还公开了日本血吸虫PGMRC2基因的siRNA的应用。本发明日本血吸虫PGMRC2基因的siRNA,可明显抑制Sj PGMRC2基因的转录,并能获得24%的减虫率,适用于制备治疗血吸虫病的药物。