本发明公开了烟草查尔酮合成酶NtCHS1基因，编码区核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明通过实验证明，改变烟草中查尔酮合成酶基因的表达水平，可以调节烟草花色、株高以及绿原酸和芸香苷等类黄酮化合物的含量，因此，本发明构建了含有NtCHS1基因的重组表达载体、NtCHS1基因沉默载体，并转化烟草植株。本发明通过过表达或沉默技术调节NtCHS1基因的表达，可以获得花色深浅各异或株高较低的转基因烟草植株，提高了烟草的观赏价值；并且可以提高烟草中绿原酸和芸香苷合成，实现了利用烟草大量生产芸香苷和绿原酸的目的，使得烟草叶片获得了更广泛的应用，具有重大的经济价值和应用前景。
